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DAP-Seq 体外 DNA 亲和纯化测序
DAP-Seq是无抗体依赖的全基因组转录因子结合位点分析技术,体外直接检测转录因子结合基序、全基因组靶点,适配无商业化抗体的物种、蛋白研究。
体外表达纯化重组转录因子蛋白,与片段化的全基因组 DNA 孵育,利用标签磁珠富集转录因子结合的 DNA 片段,高通量测序后全基因组定位结合位点,完全不依赖特异性抗体,解决无抗体无法做体内结合分析的痛点。
体外表达纯化重组转录因子蛋白,与片段化的全基因组 DNA 孵育,利用标签磁珠富集转录因子结合的 DNA 片段,高通量测序后全基因组定位结合位点,完全不依赖特异性抗体,解决无抗体无法做体内结合分析的痛点。
详情介绍
实验简图
实验流程
1.构建重组表达载体,纯化可溶性转录因子蛋白;
2.提取基因组 DNA,超声片段化至合适大小;
3.重组蛋白与基因组 DNA 体外结合反应;
4.磁珠富集结合的 DNA 片段,构建文库测序;
5.生信分析结合位点、结合基序、功能注释。
实验周期
常规测序 + 标准分析:20-30 个工作日
需提供样品信息
1.转录因子 CDS 序列、物种基因组信息;
2.基因组 DNA 样本。
应用场景
1.无抗体依赖的转录因子全基因组结合位点鉴定;
2.转录因子结合基序、核心结合序列筛选;
3.非模式物种、无抗体蛋白的调控机制研究。
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